Skaftá er blönduð jökulsá og lindá. Meginhluti jökulvatnsins kemur undan Skaftárjökli og nokkuð jökul- 
og lindavatn úr Langasjó um Útfall. Mest er vatnsmagnið þaðan á heitum sumardögum. Meðal fjölmargra þveráa Skaftár í óbyggðum eru Nyrðri- og Syðri-Ófæra, Gjrótá og Hellisá. Vatnssvið Skaftár hjá Skaftárdal er í kringum 1400m2 og meðalrennsli í kringum 122 m3/sek (87 l/sek af km2; afrennsli Skjálfandafljóts er 24 l/sek af km2).
Hlaup í Skaftá eru algeng og fylgir þeim stækur brennisteinsþefur. Þau eiga upptök sín í sigkötlum norðvestan Grímsvatna í Vatnajökli. Í Skaftáreldum fylltust gljúfur Skaftár af hrauni frá Lakagígum vestari og síðan hefur áin flæmst ofan á hrauninu án raunverulegs farvegar. Ofan Skaftárdals fellur hún í 9 m háum fossi, Hundafossi, fram af hraunbrún. Áin breiðir mikið úr sér fyrir framan Skaftárdal og rennur þar í mörgum kvíslum (Skaftárdalsvatn) en greinist siðan neðar í þrjár kvíslar, Eldvatn (mest; rennur til Kúðafljóts), Árkvíslar, sem renna um Eldhraunið og hverfa í það að hluta og sumpart hefur framrás þess verið hindruð, og Skaftá, sem fellur austur með Síðu, en þverr stundum í miklum vetrarhörkum.
