Markarfljót á meginupptök sín í Mýrdalsjökli en einnig úr Eyjafjallajökli og fönnum Hrafntinnuskers. Áin er u.þ.b. 100 km löng og vatnasviðið nálægt 1070 km². Hún er oftast vel fær jeppum á Miðveginum en þegar niður í byggð er komið, er hún orðin að stórfljóti. Markarfljótsgljúfur, næstum 200 m djúpt, er stórfenglegast ofan ármóta Syðri Emstruár. Áin flæmdist víða niðri á láglendinu og braut land áður en varnargarðar voru byggðir. Fyrsta brúin var byggð yfir hana nærri Litla-Dímon árið 1934. Hún var fjarlægð eftir að nýja brúin nokkru neðar var opnuð.
Önnur brú, hin næstelzta, er á Emstrum, suðvestan Hattfells, á leiðinni úr Flótshíðinni inn á Miðveg um Emstrur, og hin þriðja og nýjasta er allmiklu neðar en fyrsta brúin var, því að þjóðvegurinn var færður jafnframt brúarbyggingunni til að stytta hann.
Stóra- og Litla-Dímon eru á Markarfljótsaurum í nágrenni elztu brúarinnar. Nafnið Dímon er talið merkja tvífjall, ef það er dregið af latneska heitinu „di montes”. Báðar hæðirnar eru velgrónar og hin stóra (178m) er í mynni Markarfljótsdals. Þar eru mörk Austur-Landeyja, Fljótshlíðar og Vestur-Eyjafjalla. Rauðaskriða, sem getið er í Njálu, er í Stóru-Dímon. Litla-Dímon er rétt við brúna og veginn, sem liggur inn í Þórsmörk.
Við Markarfljót sátu Njálssynir fyrir Þráni Sigfússyni þegar hann var að koma frá Runólfi á Dal. Þráinn hafði komið Nálssonum í vandræði gagnvart Hákoni jarli í Noregi og neitaði að greiða þeim bætur þegar út var komið til Íslands. Nú skyldi hefnt. Í þeim bardaga vó Skarphéðinn Þráin Sigfússon. Í framhaldi af því bauð Njáll Höskuldi syni Þráins og Þorgerðar Glúmsdóttur fóstur hjá sér og gerði ætíð mjög vel við Höskuld, útvegaði honum meðal annars goðorð og gott kvonfang.
Markarsfljót er 12. lengsta á landsins 100 km.
