Gestastofur Vatnajökulsþjóðgarðs eru fimm talsins og eru staðsettar í kringum þjóðgarðinn. Í gestastofunum er hægt að nálgast allar upplýsingar um þjóðgarðinn og nágrenni hans; gönguleiðir, náttúrufar, sögu, þjónustu og afþreying. Í gestastofum er einnig hægt að skoða áhugaverðar og fjölbreyttar sýningar.
Gestastofur eru í:
Ásbyrgi,
við Mývatn,
að Skriðuklaustri,
á Höfn,
í Skaftafelli
og Kirkjubæjarklaustri.
