Geldingaholt er gamalt höfuðból og eitt af stórbýlum héraðsins í margar aldir og kemur víða við sögu á Sturlungaöldinni, þegar valdabaráttan stóð sem hæst í landinu.
Kirkju er fyrst getið í Geldingaholti, þegar sagt er frá Geldingaholtsbardaga í Sturlungu. Bardaginn varð aðfaranótt 14. janúar árið 1255. Hrafn Oddsson og Eyjólfur Þorsteinsson komu ríðandi úr Eyjafirði með þeim ásetningi að drepa Odd Þórarinsson, sem hafði hernumið staðinn. Þórarinn grautarnefur, liðsmaður Odds, flúði úr bardaganum í kirkjuna. Þegar hann kom að kirkjugarðinum, taldi hann sig óhultan og gat ekki á sér setið að storka árásarmönnunum og kallaði til þeirra, „strauk hann yður þar Grautarnefur”. Þetta blaður varð honum dýrkeypt, því þá var kastað á eftir honum buklara sem kom í hnésbætur honum svo hann féll við og samstundis voru þeir komnir að honum og drápu hann.
Í þessum sama bardaga kom kirkjan á Seylu einnig við sögu, því þeim Hrafni og Eyjólfi tókst að drepa Odd Þórarinsson eins og þeir ætluðu sér. En þá kom að því sem er sérkennilegt í þessari sögu, það er að menn Odds fluttu líkama hans upp í Seylu og grófu hann þar langt undir kirkjugarðinum, þrátt fyrir að greftrunarkirkja var í Geldingaholti en ekki á Seylu. Það má leiða líkum að tveimur ástæðum fyrir því, að vinir hans fóru með líkið til Seylu. Önnur er sú, að Oddur settist með flokk sinn í búið í Geldingaholti í óleyfi. Kolfinna, kona Þórðar kakala og systir Eyjólfs Þorsteinssonar, sem stóð fyrir Flugumýrarbrennu, stóð fyrir búinu. Hin ástæðan gæti hafa verið sú, að búið var að bannfæra Odd og því átti hann ekki rétt á legstað í vígðri mold en á Seylu hefur vafalítið verið gamall aflagður kirkjugarður. Þessar tvær kirkjur komust á spjöld sögunnar vegna þessa bardaga. Þórður kakali bjó á Geldingaholti um tíma.
Aðeins er til einn máldagi Geldingaholtskirkju, frá Auðuni rauða 1318. Virðist kirkjan hafa verið nokkuð vel búin af eignum. Þar er m.a. talið bríkarklæði og verður þá að telja líklegt að altarisbrík hafi verið í kirkjunni þótt hún sé ekki nefnd. Einnig eru taldir glergluggar, svo þeir hafa greinilega verið fleiri en einn og telst það frekar ríkmannlegt á þessum tíma. Óvenjulegt er, að engin líkneski eru talin þar, því að trúin á dýrlinga og helga menn var grundvallaratriði og kirkjurnar voru ævinlega helgaðar einum eða fleiri slíkum. Kirkjan í Geldingaholti var engu að síður helguð Pétri postula.
Í Geldingaholti áttu að vera bæði prestur og djákni. Tók prestur heima í leigu 4 merkur og 4 merkur fyrir að þjóna Seylu. Lýsistoll og heytoll fékk kirkjan af 7 bæjum í Vallhólma, sem áttu kirkjusókn í Geldingaholt.
Um kirkjuna á Seylu er lítið vitað í kaþólskum sið og er ýmist talað þar um kirkju eða bænhús en Geldingaholtsprestur sá um messugjörðir þar.
Kirkjurnar voru báðar lagðar af samkvæmt skipun Danakonungs árið 1765.
