Glerárkirkja er í Glerárprestakalli í Eyjafjarðarprófastsdæmi. Áður en Glerárkirkja var reist, var aðeins 
ein kirkja í Lögmannshlíðarsókn, Lögmannshlíðarkirkja (vígð 30. nóv. 1860). Hún var löngu orðin of lítil og fyrsta byggingarnefnd var skipuð 1969. Glerárprestakall var stofnað árið 1981, þegar Akureyrarprestakalli var skipt. Ný byggingarnefnd var skipuð snemma sama ár og fyrsti presturinn, Pálmi Matthíasson, var kosinn síðla sama árs. Talsverður tími fór í breytingar á staðsetningu nýju kirkjunnar og ný lóð fékkst 1983 og ný byggingarnefnd var skipuð í nóvember sama ár.
Svanur Eiríksson var arkitekt kirkjunnar. Fyrsta skóflustunga var tekin 31. maí 1984 (Pétur Sigurgeirsson, biskup). Híbýli sáu um byggingu fyrsta áfangans og Eiríkur Stefánsson var eftirlitsmaður sóknarinnar. Í apríl 1985 var samið við Híbýli um byggingu annars áfangans og hinn 18. ágúst 1985 var fyrst messað í kirkjunni. Kirkjan varð rúmlega fokheld 7. júní 1986 og þá var haldinn kirkjudagur með fjölbreyttri dagskrá. Í upphafi árs 1987 var lokið við innréttingu efri hæðar suðurálmu. Pétur Sigurgeirsson, biskup, vígði fyrsta hluta kirkjunnar 15. febrúar 1987. Kirkjuvörður, Sigurveig Bergsteinsdóttir, var ráðinn í apríl 1987.
Áskell Jónsson, sem hafði verið organisti Lögmannshlíðarkirkju frá 1942, lét af störfum 1987, þegar hann varð 76 ára. Hann og kona hans stofnuðu orgelsjóð kirkjunnar 1986 og unnu ötullega að því að fá einstaklinga og fyrirtæki til að styrkja hann. Jóhann Baldvinsson tók við starfi organista og hófst handa við að huga að orgeli fyrir kirkjuna. Rafeindaorgel var keypt sumarið 1988. Í því eru upptökur tveggja orgela í Evrópu á tölvukubbum.
Árið 1988 var farið að huga að kirkjuklukkum og snemma næsta ár voru tilkynnt tilboð í þær. Klukkurnar voru steyptar í Hollandi og komu í hús 1990. Þær eru þrjár talsins og vega samtals 1400 kg. Seljandi annaðist uppsetningu þeirra og þær hljómuðu fyrst 2. september 1990.
Árið 1989 var sett stálklæðning á þak kirkjunnar . Halldór Jóhannsson, landslagsarkitekt, annaðist skipulagningu lóðar og samtímis var óskað tilboða í flóðlýsingu turns og kross. Lýsingingin var kominn upp síðla sama ár. Málningarvinnu utanhúss lauk sumarið 1990.
Sr Pálmi Matthíasson var óvænt kallaður til starfa í Bústaðasókn í Reykjavík í apríl 1989 og Pétur Þórarinsson á Möðruvöllum var valinn úr hópi þriggja umsækjenda. Ekki auðnaðist honum langt starf í sókninni, því hann varð að fá frí vegna veikinda hálfu ári síðar. Hann náði ekki nægum bata til að koma aftur til starfa. Sr. Lárus Halldórsson leysti hann af í nóvember 1990 og starfaði fram í lok maí 1991. Í apríl 1991 var sr Gunnlaugur Garðarsson í Garðasókn valinn úr hópi þriggja umsækjenda og hann kom til starfa í júníbyrjun.
Árið 1990 var lokið við frágang neðri hæðar vesturálmu. Bílastæði vestan kirkjunnar voru malbikuð og einangrun kirkjuskipsins var lokið fyrir jól. Kirkjan ver alls 2100 m2 (neðri hæðin 1000 m2). Árið 1992 var framreiknaður byggingarkostnaður kr. 250 miljónir. Kirkjan var vígð 6. desember 1992.
