Skútustaðakirkja er í Skútustaðaprestakalli í Þingeyjarprófastsdæmi. Skútustaðir eru bær, kirkjustaður prestssetur við sunnanvert Mývatn. Þar hefur verið kirkja frá fornu fari en prestssetur fyrst árið 1876.
Brauðið hét fyrrum Mývatnsþing (Skútustaða- og Reykjahlíðarsóknir) á fasts prestsseturs. Á árunum 1907-1913 var Lundarbrekkusókn hluti af Skútustaðaprestakalli. Það þótti ekki henta vel, þannig að Lundarbrekka var lögð til Þóroddstaða í Köldukinn.
Timburkirkjan með forkirkju og turni, sem nú stendur, var byggð 1861-63. Hönnuður Þórarinn Benjamínsson frá Akurseli í Öxarfirði Hún tekur um 100 manns í sæti.
