Héraðsvötn eru mestu fallvötn í Skagafirði. Þau verða til við samruna Jökulsánna austari og vestari sem báðar koma undan Hofsjökli. Austari áin er vatnsmeiri. Er meðaltalsvatnsrennsli hennar nærri 40 rúmmetrar á sekúndu (við Skatastaði á Austurdal) en sumarrennsli er yfirleitt talsvert meira, oft upp undir 100 rúmmetrar á sekúndu. Vetrarrennslið er hins vegar minna, oft 20 – 30 rúmmetrar á sekúndu. Gætir þá verulega lindavatnsins í þveránum undan Nýjabæjarfjalli. Jökulsá vestari er að meðaltalsvatnsmagni um helmingi minni, nærri 20 rúmmetrar á sekúndu. Hún er sömuleiðis mun meiri á sumrin (oft upp í 40 rúmmetrar á sekúndu) en á veturna (oft 10 – 15 rúmmetrar á sekúndu) og er þó lindavatn verulegt í henni, einkum af Hofsafrétt. Árnar falla saman í gljúfrum en neðan þeirra falla þær út á flatlendið og er farvegur Vatnanna flatur þaðan af. Þar bætist Norðurá við þau og fleiri vötn, minni, af Tröllaskaga. Renna Vötnin þar á eyrum og hrekjast um víða.
Enn neðar rýmkast um farveg þeirra þegar þau koma niður fyrir Tungusveit. Þar verður farvegur þeirra enn hallaminni, meðfram Vallhólmi og Eylendinu, uns þau lóna uppi við Hegranesið áður en þau falla um ósa í sjó. Á öldum áður er haldið að Vötnin hafi legið undir vesturlandinu, nærri því sem Húseyjarkvísl er nú. Þó má vera, að þau hafi þá kvíslast um flatlendið eins og þau virðast löngum hafa gert þegar þau hafa ekki verið hindruð í rennsli sínu. Ferðasaga Vatnanna um flatlendið mun enn ekki hafa verið rakin til hlítar, en hitt munu flestir sammála um að þau hafi skapað flatlendið og fyllt upp í fjörð þar sem það er nú. Þó er sá fjörður ekki enn kjaftfylltur því að leifar hans eru lónin við Hegranes og Miklavatn í Borgarsveit.
Eðli sínu samkvæmt flæmast Vötnin um þetta sköpunarverk sitt þegar þeim er sjálfrátt og hlaða á það auri og sandi. Upphleðslan er mest og efnið grófast ofan til. Neðar verða setefnin fínni og hallinn minni. Við þetta eykst brattinn heldur á flatlendinu en á móti mun lengi hafa komið að það teygðist æ lengra út í leifarnar af fjarðarlónunum. Af því mun tvennt hafa leitt:
Kvíslar munu hafa rásað æ meira efst á flatlendinu og flætt mun hafa yfir æ stærri svæði á neðanverðu flatlendinu. Óvíst er, hversu mikið hefur munað um þessar breytingar á sögulegum tíma. Vötn öll munu almennt hafa orðið æstari, þegar á leið og jöklar stækkuðu, veður kólnuðu en gróður og jarðvegur rýrnuðu á síðustu öldum. Eru áhrif þess svipuð. Hitt er víst, að vel spratt undan flóðunum og ægæf engjalöndin um neðanverðan Vallhólma og Eylendið voru ein helsta ástæða þess að allmargar jarðir í Staðarsveit og Blönduhlíð voru 60 – 100 hundraða að fornu mati, þ.e. höfuðbólshæfar. Nú hefur verið hlaðið fyrir kvísl þá úr Vötnunum sem féll neðan við Vindheima og í Húseyjarkvísl.
Víðar hafa verið gerðir garðar að vötnunum, þó minni þyki en þessi, og skurðir hafa víða verið grafnir um flatlendið. Dregur þetta eitthvað úr því að vatn flæmist eins víða og standi eins hátt í flóðum og fyrrum var. Flóð Héraðsvatna um flatlendið munu ekki hafa verið kortlögð nákvæmlega frá ári til árs.
