Þórshafnarkirkja er í Þórshafnarprestakalli í Þingeyjarprófastsdæmi. Þórshafnarbúar sóttu kirkju að Sauðanesi eða messuðu í félagsheimilinu áður en núverandi kirkja var byggð.
Langt er liðið frá því fyrst var farið að huga að byggingu nýrrar kirkju á Þórshöfn. Elzta skráða heimild þar um í fundargerðarbók Sauðanesssóknar er frá 1945 en þá ræddi Guðmundur Einarssonar sóknarnefndaroddviti um nauðsyn kirkjubyggingar. Þó umræður hafi án efa haldið áfram er ekki getið um það í fundargerð fyrr en í desember 1962 en þá var kosin sjóðsstjórn kirkjubyggingarsjóðs og fjáröflunarnefnd.
Árið 1965 barst peningagjöf til væntanlegrar kirkjubyggingar frá þáverandi biskupi Íslands, herra Sigurbirni Einarssyni.
Í febrúar 1987 samþykkti safnaðarfundur að hafinn verði undirbúningur að byggingu nýrrar kirkju á Þórshöfn og fól sóknarnefnd að útvega teikningar til að leggja fram. Í ágúst sama ár voru lagðar fram teikningar frá Húsameistara ríkisins og urðu um þær talsverðar umræður. Samstaða var í sóknarnefnd að lögun og útlit kirkju skyldi vera með hefðbundnum hætti og var Svalbarðskirkja í Eyjafirði höfð sem viðmið. Sóknarpresti var falið að ræða við Bjarna Konráðsson byggingatæknifræðing í Reykjavík um tillöguteikningar. Teikningar frá Bjarna voru lagðar fyrir sóknarnefndarfund í febrúar 1989 og voru þær einróma samþykktar sem og staðsetning kirkjunnar. Í sama mánuði samþykkti aðalsafnaðarfundur teikningar Bjarna að kirkju og fól sóknarnefnd ásamt presti að hafa forustu um fjáröflunar leiðir og byggingarframkvæmdir.
Það var þó ekki fyrr en 17. september 1993 að fyrsta skóflustunga var tekin að þeirri kirkju sem nú er risin á Þórshöfn. Kirkjuskip rúmar um 160 manns í sæti. Á jarðhæð er safnaðarheimili og skrifstofa prests.
Uppsteypu kirkjunnar annaðist Jón Beck trésmiður Reyðarfirði og um raflagnir sá Snarvirki ehf Þórshöfn. Frágang innanhúss önnuðust Trésmiðjan Brú í Þistilfirði, Val sf trésmiðja á Húsavík, Norðurvík ehf Húsavík og Eiður Árnason múrarameistari á Húsavík lagði gólfflísar. Málun innanhúss var í höndum Norðurvíkur og nokkurra heimamanna.
Biskup Íslands, herra Karl Sigurbjörnsson, vígði Þórshafnarkirkju 22. ágúst 1999. Viðstaddir vígsluna voru vígslubiskup sr. Bolli Gústavsson, sóknarprestur Þórshafnarprestakalls sr. Ingimar Ingimarsson, en hann var jafnframt prófastur Þingeyjarprófastsdæmis, flestir prestar prófastsdæmisins auk annarra presta. Kirkjan var þéttsetin og var athöfnin í alla staði hin hátíðlegasta. Að lokinni vígslu bauð sóknarnefnd gestum til kaffisamsætis í Félagsheimilinu Þórsveri og sáu kvenfélagskonur um það sem fram var borið.
Þórshafnarkirkja er fagurt hús og í því möguleikar til fjölbreytts safnaðarstarfs. Í kirkjunni er góður hljómburður og hafa nokkrir kórar haldið þar tónleika og látið vel af.
Lokið var við kirkjuna að utan sumarið 2002 og annaðist Eiður Árnason múrarameistari það verk. Borið var sérstakt límefni á kirkjuna og áður en það þornaði var kastað í kvartssteinum.
Núverandi sóknarprestur Þórshafnarprestakalls er sr. Sveinbjörn Bjarnason og kom hann að embætti 1999. Formaður sóknarnefndar er Guðjón Gamalíelsson.
Þórshöfn, 16. desember 2002
Sveinbjörn Bjarnason
sóknarprestur