Talið er, að fyrrum hafi verið Bænhús í Vatnsdal og á Suðureyri. Suðureyrarkirkja er í Staðarprestakalli í . Prestssetrið á Stað í Súgandafirði var formlega flutt til Suðureyrar 1982, þegar Staður var seldur. Þá höfðu prestar setið tíu árin á undan í kauptúninu.
Núverandi var kirkja vígð 1937. Meðal merkra gripa hennar er altaristafla eftir Brynjólf Þórðarson, listmálara. Þar vígðist séra Auður Eir Vilhjálmsdóttir (1937-) til brauðsins 1974 og sat í eitt ár. Hún var fyrsti kvenprestur landsins.
