Það er drjúgmikið af laxi í Fljótinu, en oft er það mjög litað af jökulleir og fer veiðiskapur nokkuð eftir 
því.
Áin hefur á góðu sumri gefið um og yfir 700 laxa og er þá feiknagóð. Algengara er að aflinn sé mun minni, en losar þó oftast einhver hundruð.
Skjálfandafljót er 4. lengsta á landsins 178 km.
