Kirkjubæjarkirkja er í Eiðaprestakalli í Múlaprófastsdæmi. Kirkjubær er bær og kirkjustaður í og prestssetur til 1956, þegar sóknin var lögð til Eiða. Katólskar kirkjur á Kirkjubæ voru helgaðar Maríu guðsmóður og núverandi kirkja var byggð 1851. Hún er stórt og stílhreint timburhús, hið merkasta allra kirkna á Austurlandi. Séra Jón Þorsteinsson lét reisa kirkjuna. Hún er velbyggt hús og var tjörguð að utan annað veifið og hefur ekki þurft mikið viðhald. Bárujárnsþakið var sett á hana árið 1915 og árið 1929 var hún klædd bárujárni að utan. Samtímis voru útveggir málaðir hvítir og þakið rautt.
Einnig voru gerðar breytingar á innviðum. Árið 1980 hófst viðgerð undir stjórn Harðar Ágústssonar, listmálara, og Þórs Magnússonar, þáverandi þjóðminjavarðar. Viðgerðinni lauk 1992. Síðan hefur farið fram viðgerð innandyra undir stjórn og leiðsögu húsfriðunarnefndar. Snorri Vigfússon gerði við kirkjuna að innan og málaði og lagfærði húsgögn. Prédikunarstóllinn er frá dögum Guðbrands biskups Þorlákssonar á Hólum, skömmu eftir siðaskiptin, með myndum af postulunum og dönsku konungshjónunum, sem gáfu hann.
Skírnarskálin er úr íslenzkum leir og umgerð úr tré, sem Ríkharður Jónsson skar. Söngtaflan er frá árinu 1805 og harmónium kirkjunnar er frá árinu 1891. Kirkjubær er kominn í byggð aftur. Áður en Lagarfljót var brúað hjá virkjuninni og fossinum var lögferja í Kirkjubæ
Sunnudaginn 4. ágúst 2001 var 150 ára afmælis kirkjunnar minnst á veglegan hátt. Kristján Valur Ingólfsson leiddi tíðagjörð um morguninn og síðdegis predikaði Karl Sigurbjörnsson, biskup og sera Sigfús J. Árnason, prósfastur og sera Jóhanna I. Sigmarsdóttir, sóknarprestur, þjónuðu fyrir altari. Kór Kirkjubæjar- og Sleðbrjótssókna sungu. Rosemary Hewlett lék á orgelið og lét skíra barn sitt við hátíðarmessuna. Sóknarnefnd bauð til veglegs kirkjukaffis og hátíðardagskrár eftir messuna. Hátíðinni lauk með kvöldbænum. Meðal góðra gjafa, sem kirkjan fékk við þetta tækifæri voru tvær biblíur, nýr hökull og stólar. Liðlega 200 manns sóttu kirkjuhátíðina.
