Hvanneyrarkirkja er í Hvanneyrarprestakalli í Borgarfjarðarprófastsdæmi. Hvanneyri heyrði áður til Hestþinga en Hvanneyrarprestakall var stofnað 1952. Útkirkjur eru á Bæ, Lundi og á Fitjum. Prestssetur er Staðarhóll í Hvanneyrarhverfi en prestur situr að sinni í Bæ.
Á Hvanneyri var kirkja helguð Maríu guðsmóður, Pétri postula, Tómasi erkibiskupi og Marteini biskupi í katólskum sið. Núverandi kirkja var reist og vígð árið 1905 og er eign Bændaskólans. Kirkjan, sem áður stóð lítið eitt vestar, fauk 1903 og lenti brakið á þeim stað, þar sem ný var byggð.
Söfnuðurinn neitaði að byggja nýja kirkju, þannig að Vesturamtið annaðist bygginguna og afhenti Bændaskólanum hana til eignar og umsjónar. Rögnvaldur Ólafsson teiknaði kirkjuna. Hún er byggð úr timbri á grjóthlöðnum sökkli og járnvarin. Hún er skreytt að innan af Grétu Björnsson og altaristaflan er frá 1923, máluð af Brynjólfi Þórðarsyni listmálara og sýnir Krist í íslenzku landslagi.
