Húnaflói milli Stranda og Skaga er stærstur norðlenzkra fjarða. Mesta breidd hans er í kringum 50 km 
milli Skaga og Krossaness. Lengd hans frá mynni að Þingeyrarsandi er u.þ.b. 50 km og 100 km í botn Hrútafjarðar. Strandamegin er hann mjög vogskorinn og suður úr honum ganga þrír stórir firðir. Hann er mjög misdjúpur og undirlendi að honum er minnst að vestanverðu. Talsverð fiskgengd er í flóanum og þar eru góð rækjumið. Hafíss gætir oft í Húnaflóa og stundum lóna stórir jakar þar sumarlangt.
Árið 1244 háðu Kolbeinn ungi Tumason og Þórður kakali einu sjóorrustuna, sem háð hefur verið hérlendis, ef þorskastríðin eru ekki talin með. Þá fór Kolbeinn með tæpan sigur af hólmi, þótt hann hefði ofurefli liðs.
