Villingaholtskirkja er í Hraungerðisprestakalli í Árnesprófastsdæmi. Hún var byggð á árunum 1910-1911 járnvörðu timbri á hlöðnum grunni. Hún er með turni og sönglofti og tekur 100 manns í sæti. Jón Gestsson, bóndi og smiður í Villingaholti, var yfirsmiður. Altaristaflan er erlend, máluð Kristsmynd frá 1878. Kirkjan á ljósprentuð eintök af Guðbrandsbiblíu og Landnámabók. Í kirkjunni er útskorinn skírnarsár. Katólskar kirkjur á staðnum voru helgaðar Pétri postula.
Útkirkja var í Hróarsholti og Villingaholtskirkju var þjónað frá Gaulverjabæ fyrstu hálfa öldina eftir að prestssetur lagðist þar niður, en Hróarsholtskirkju frá Hraungerði þar til hún var tekin af 1902. Frá 1907 hefur Villingaholtskirkja verið útkirkja frá Hraungerði og síðan Selfossi, en prestssetrið var flutt þangað 1956.
Villingaholtskirkja stendur rétt fyrir norðaustan Þjórsárver, í hæfilegu göngufæri. Núverandi kirkju smíðaði Jón Gestsson í Villingaholti (vígð árið 1911). Villingaholtssókn er nú hluti af Hraungerðisprestakalli. Kirkjan er sérstaklega falleg og vel við haldið og væri ómaksins vert fyrir gesti að skoða hana. Umsjónarmaður Þjórsárvers getur sýnt kirkjuna að innan.
Ef gengið er syðst á lóð Þjórsárvers má sjá gamlan bæjarhól, en þarna stóð bær og kirkja að Villingaholti áður. Kirkju er getið þar í máldaga frá 1269. Í kjölfar viðvarandi sandfoks og mikils tjóns í Suðurlandsskjálftunum árið 1784 var kirkja og bæjarhús flutt um set að núverandi stað.
Kunnasti prestur sem setið hefur í Villingaholti er séra Jón Erlendsson (lést 1672). Hann á sinn mikla þátt í að varðveita ýmsar helstu perlur handritanna með því að skrifa þau upp, m.a. að beiðni Brynjólfs Sveinssonar biskups. Frægasta ritið sem séra Jón bjargaði þannig frá glötun er Íslendingabók, en mörg handrita okkar eru rituð með hendi Jóns. Þarna sér enn móta fyrir gamla kirkjugarðinum. Þar skammt frá er hellan þar sem niður var kveðinn Gothenborgardraugurinn. Hann var vekjurum sínum erfiður viðfangs af því að hann skildi ekki íslensku.
Jón Gestsson (1863-1945) verður að telja einn fjölhæfasta og afkastamesta smið og framkvæmdamann sinnar samtíðar, og víða má sjá vönduð handarverk hans og hönnun. Auk Villingaholtskirkju smíðaði hann 6 aðrar kirkjur, byggði rjómabúið á Baugsstöðum og yfir 100 önnur hús og sama fjölda af líkkistum, gerði við hundruð klukkna, saumavéla, prjónavéla og fleiri véla. Hann endurhannaði þær spunavélar sem þá tíðkuðust, og smíðaði ásamt sonum sínum yfir eitt hundrað slíkar. Jón var mikill bóndi og stórhuga, gerði áveitur á engjar og var verðlaunaður fyrir sín störf.
