Vatnsfjarðarkirkja er í Vatnsfjarðarprestakalli í Ísafjarðarprófastsdæmi. Vatnsfjörður er fornt og 
höfuðból, kirkjustaður og prestssetur frá 16. öld við samnefnda vík yzt á Vatnsfjarðarnesi milli Mjóafjarðar og Ísafjarðar. Brauðinu fylgdu engar útkirkjur í fyrstu en bænhúsin á Reykjanesi og í Skálavík, næsta bæ inn með Mjóafirði fylgdu.
Árið 1907 voru Nauteyrar- og Unaðsdalssóknir lagðar til Vatnsfjarðar. Unaðsdalskirkju var samt þjónað frá Vigur og síðar Grunnavík til 1928. Ögursókn var bætt við 1970, þannig að Vatnsfjarðarprestakall er eitthvert hið víðlendasta á landinu og mjög erfitt yfirferðar. Enn ein kirkja er útkirkja brauðsins, Melgraseyri á Langadalsströnd. Sú kirkja var tekin upp skömmu fyrir aldamótin 2000.
Sárafár sálir eru eftir í þessu víðlenda prestakalli. Katólskar kirkjur á staðnum voru helgaðar Ólafi helga Noregskonungi. Kirkjur stóðu inni í stórum, hringlaga garði fram á þriðja áratug 20. aldar en nú er hann ferhyrndur. Núverandi steinkirkja var byggð 1911-1912. Hún er með turni og sönglofti og tekur 60 manns í sæti.
Forðum var Vatnsfjarðarkirkja vönduð og vel búin gripum, sem eru nú aðeins til í heimildum, s.s. veggspjald með myndum 25 heilagra manna. Sumir gripanna eru varðveittir í söfnum, s.s. líkneski Ólafs helga, skorið í tré. Það er í skáp eða skríni með vængjahurðum með ámáluðum myndum af Pétri og Páli, postulum, Mikaeli erkiengli og Guðmundi góða Arasyni. Þessi merkisgripur er í Þjóðminjasafninu auk líkneskis sitjandi Krists hins þyrnikrýnda. Vatnsljón, vatnskanna í ljónslíki, er í Þjóðminjasafninu í Kaupmannahöfn.
Þessir gripir eru allir frá miðöldum og erlendir að uppruna. Róðukrossinn, sem hangir á kórgafli er eftir séra Hjalta Þorsteinsson og altaristaflan er danskt málverk, sem sýnir upprisuna og ártalið 1860. Í kirkjunni er skírnarsár á fæti með skál úr silfri eftir Guðjón Bernharðsson, gullsmið. Þýzkur maður, Wilhelm E. Beckmann, gerði sáinn og hann var færður kirkjunni að gjöf 1957.
Fornleifastofnun Íslands (bæklingur 2009):
Allt frá landnámsöld og fram yfir siðaskipti var Vatnsfjörður stórbýli og höfðingjasetur. Á söguöld bjuggu þar frægir höfðingjar og á Sturlungaöld var Vatnsfjörður valdamiðstöð Vatnsfirðinga, einhverrar voldugustu ættar landsins á þeirri tíð. Frá sumrinu 2003 hafa farið fram fornleifarannsóknir í Vatnsfirði, bæði uppgröftur og fornleifaskráning. Rannsóknirnar hafa leitt í ljós mannvistaleifar allt frá 10. öld til okkar daga á tveimur meginsvæðum í túninu. Frá víkingatíma hefur verið grafinn upp skáli, smiðja auk fleiri smáhýsa, en á hinum umfangsfikla bæjarhól er hafin rannsókn á yngstu minjum staðarins. Rannsóknirnar gefa einstakt tækifæri til að sjá elztu og yngstu mannvistaleifar býlis, annars vegar frá 10. öld, og hins vegar frá hinni 20. Mannvistarleifarnar gefa vísbendingu um líf fyrri tíma, húsakost, matarræði, búskaparlag og klæðnað, svo eitthvað sé nefnt.
Vatnsfjörður við Ísafjarðardjúp er einhver merkasti sögustaður landsins og áhugaverðasti áingarstaður á ferð um Ísafjarðardjúp. Við minjasvæðið eru upplýsingaskilti auk þess sem í júlí ár hvert eru þar fornleifafræðingar að störfum og veita leiðsögu um minjasvæðið samkvæmt nánari auglýsingum.
Síðan 2005 hefur verið rekinn fornleifaskóli í Vatnsfirði. Hann er starfræktur samhliða uppgreftri í júlí. Nemendur hava koma úr ýmsum heimshornum og læra uppgraftartækni undir leiðsögn íslenzkra og erlendra sérfræðinga, ekki er vitað kvað verður um framhaldið um fornleifaskólann í Vatnsfirði?
