Langholtskirkja var í Ásaprestakalli í Skaftafellsprófastsdæmi. Þetta prestakall var lagt niður og sóknin 
sett undir Kirkjubæjarklaustursprestakall. Byggingu hennar lauk 1862. Hún er úr timbri. Kirkja Meðallendinga var flutt eftir að sóknarkirkjan í Hólmaseli hvarf undir hraun í Skaftáreldum 20. júní 1873. Allir munir og gripir þeirrar kirkju glötuðust. Áður en kirkjan var flutt að Hólmaseli var hún í Skarði til 1750, en þaðan var hún flutt vegna sandfoks.
Fyrsta kirkjan í Langholti var torfkirkja, sem var endurbyggð árið 1831. Hún var komin að Hruni árið 1855, þegar ákveðið var að byggja núverandi kirkju. Hún er með hinu gamla, íslenzka kirkjulagi, með þil milli kórs og framkirkju, og tekur 200 manns í sæti. Jóhannes Jónsson, snikkari úr Reykjavík, smíðaði hana, Anker Lund málaði altaristöfluna og Einar Einarsson skar út skírnarsáinn. Kertahjálmurinn er talinn vera úr Skálarkirkju á Síðu, sem eyddist í Skaftáreldum. Nokkrir gripir Langholtskirkju eru í Þjóðminjasafni, þ.á.m. skírnarfat úr tini frá 18. öld.