Klyppstaðakirkja var reist úr timbri árið 1895. Höfundur hennar var Jón Baldvin Jóhannsson, forsmiður. 
Kirkjan var friðuð 1. janúar 1990.
Klyppstaður fór í eyði árið 1962 og aðrir bæir í sókninni voru allir komnir í eyði 1973, þegar kirkjan var afhelguð. Brauðið þótti mjög afskekkt og tekjurýrt.