Stöðvarfjarðarkirkja er í Heydalaprestakalli í Austfjarðaprófastsdæmi. Hún var byggð árið 
1925. Yfirsmiður var Hóseas Björnsson frá Höskuldsstöðum í Breiðdal. Prestssetur var lengi í Stöð, en kirkjan þar var rifin 1925 (byggð 1879).
Getið er um kirkju á Stöðvarfirði í kirknatali Páls biskups um 1200. Númerataflan í kirkjunni var flutt úr Stöðvarkirkju og er frá 1887. Altaristaflan, sem sýnir krossfestinguna, er líklega eftir Þorstein Guðmundsson í Hlíð. Ríkharður Jónsson gerði skírnarsáinn. Stöðvarfjörður heyrir nú undir Heydalaprestakall.
Gamla kirkjan hefur verið gistiheimili fyrir svefnpokaferðamenn um nokkurra ára skeið.